Die Mastozytose kann im Knochenmark, dem Magen-Darm-Trakt, der Milz, der Leber oder den Lymphknoten vorkommen (systemische Mastozytose). Das kann Beschwerden wie Bauchschmerzen, Durchfall und Übelkeit, Sodbrennen, Erbrechen und/oder Magengeschwüre hervorrufen. Eine Beteiligung des Knochenmarks findet sich häufig im Erwachsenenalter und ist bei Kindern eher selten. Auch die Milz, die Leber und die Lymphknoten können vergrößert sein. Dies führt jedoch zumeist nicht zu Beschwerden. Ein Befall der inneren Organe ohne Hautbeteiligung kommt ebenfalls vor, was die Diagnose erschweren kann. Gelegentlich tritt bei Erwachsenen eine Osteoporose (vermehrter Knochenschwund) auf, die zu spontanen Knochenbrüchen führen kann.

Bei nahezu allen Kindern und der überwiegenden Mehrzahl von erwachsenen Patient:innen mit Mastozytose nimmt die Erkrankung einen guten und langsamen Verlauf. Auch wenn zu viele Mastzellen in den inneren Organen vorhanden sind (systemische Mastozytose), führt dies normalerweise zu keiner Beeinträchtigung (indolente systemische Mastozytose, ISM). Die Patient:innen lernen, mit ihren Hautveränderungen und/oder anderen Symptomen zu leben und werden häufig von der Erkrankung nicht wesentlich beeinträchtigt.

Es gibt seltene Formen der Mastozytose mit ausgeprägter und schwerer Beteiligung der inneren Organe. Hierzu zählen die smouldering (schwelende) systemische Mastozytose (SSM), die systemische Mastozytose mit begleitender Blutbildungskrankheit (Mastozytose mit einer assoziierten hämatologischen Neoplasie, SM-AHN), die aggressive systemische Mastozytose (ASM) oder die Mastzellleukämie (MCL).

Die Weltgesundheitsorganisation (WHO) unterscheidet folgende, teilweise sehr seltene verschiedene Formen der Mastozytose: